Rozdíl mezi proteiny a peptidy je jejich struktura, funkce a konotace.

1. Z hlediska struktury:
Peptidy se týkají lineárních aminokyselinových řetězců vytvořených dehydratací a kondenzací více aminokyselin.
Proteiny, které mohou mít pouze jeden polypeptidový řetězec nebo mohou být složeny z více polypeptidových řetězců.
2. Z hlediska funkce:
Některé peptidy jsou biologicky aktivní a některé ne.
Proteiny jsou biologicky aktivní.
3. Pokud jde o konotace:
Peptidy obecně pouze zdůrazňují svou lineární sekvenci, tj. primární strukturu.
Protein je materiální základ života, organická makromolekula, základní organická látka tvořící buňku a hlavní nositel životních aktivit. Bez bílkovin není život. Aminokyseliny jsou základní stavební kameny bílkovin. Je to látka úzce spojená s životem a se všemi formami životní činnosti.
Každá buňka a všechny důležité složky v těle se podílejí na bílkovinách. Bílkoviny tvoří 16 procent ~ 20 procent lidské tělesné hmotnosti, to znamená, že 60 kg vážící dospělý člověk má v těle asi 9,6 ~ 12 kg bílkovin. V lidském těle existuje mnoho druhů proteinů s různými vlastnostmi a funkcemi, ale všechny se skládají z více než 20 druhů aminokyselin v různých poměrech a jsou v těle neustále metabolizovány a obnovovány.