Peptidovou zdravou výživu stačí umístit na chladné a suché místo.

Pro peptidová činidla a peptidová léčiva je třeba je uchovávat v sušičce. Lyofilizované peptidy mohou být umístěny při pokojové teplotě před jejich vystavením vzduchu. Tím se sníží vliv vlhkosti, a když není možné lyofilizaci, nejlepším způsobem je skladovat vzorky v malých pracovních objemech. U peptidových činidel obsahujících Cys, Met nebo TrP je deoxidační pufr nezbytný pro jejich rozpuštění, protože peptidové činidlo snadno oxiduje vzduchem a pomalu vytékající dusík nebo argon z polypeptidového činidla před utěsněním lahvičky také sníží oxidaci. Peptidová činidla obsahující Gln nebo Asn se také snadno rozkládají a všechny peptidy mají omezenou životnost ve srovnání s těmi, které tyto problematické lyosidy neobsahují.
Peptidy mají široký rozsah rozpustnosti. Hlavním problémem s nerozpustností peptidů je tvorba sekundárních struktur. K tomu dochází u všech kromě nejdůležitějších peptidů, zejména u peptidů s více hydrofobními zbytky. Sůl podporuje tvorbu sekundární struktury. Peptid doporučujeme nejprve rozpustit ve sterilní destilované vodě nebo deionizovat. Pokud je nutné zvýšit rozpustnost, lze použít sonikaci. Rozpouštění je stále problém, přidání malého množství zředěné kyseliny octové (10 procent) nebo amoniaku usnadní rozpouštění.
Pro dlouhodobou konzervaci peptidových činidel je nejlepší lyofilizovat a za studena sušený prášek lze skladovat při teplotě -20 nebo nižší po několik let s malou nebo žádnou degradací. Peptidy v roztoku nejsou ani zdaleka stabilní. Peptidy jsou náchylné k bakteriální degradaci a měly by být rozpuštěny ve sterilní čištěné vodě.
Roztoky peptidů obsahující zbytky Met, Cys nebo Tyr mají omezenou životnost kvůli oxidaci. Měl by být rozpuštěn v anaerobním rozpouštědle, aby se zabránilo opakované destrukci zmrazováním a rozmrazováním, doporučuje se rozpustit přebytečný peptid v experimentu s hovínkem a zbytek polypeptidu je zachován jako pevná látka.